一支商姓出于子姓，是商王族的后裔。相传上古时，帝喾妃子名简狄，误食燕子蛋，而生子名“契”。契长大后，被帝舜任命为司徒，教化民众。后来，因辅佐大禹治水有功，被封在商（今陕西商县）邑。但他却被赐姓为“子”。直到契的十四代孙汤灭了夏朗，建立了商朝，商朝的王孙贵族才开始以国名为姓氏，称为商氏。而商最终为周所灭后，商姓方从贵族之姓转为庶姓的。

另一支出于姬姓。春秋战国时期，卫国的公孙鞅投奔秦孝公，在秦国变法图强，有功而被封为商（或上）君，所以又称为商鞅，史称“商鞅变法”。他的后代就有以封地为姓氏，称为商氏。通志氏族略：唐尧封帝喾之子契于此，传十四世至成汤，灭夏而有天下，以商为国号，后商被灭于周，子孙以国为氏。姓纂：秦有卫鞅，受封于商，子孙氏焉。